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全基因組測(cè)序

來源:萬物生物   發(fā)布時(shí)間:2021-11-02

全基因組測(cè)序

全基因組測(cè)序是對(duì)未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體的基因組測(cè)序。 1986年, Renato Dulbecco是最早提出人類基因組測(cè)序的科學(xué)家之一。他認(rèn)為如果能夠知道所有人類基因的序列,對(duì)癌癥的研究將會(huì)很有幫助。美國能源部(DOE)與美國國家衛(wèi)生研究院(NIH),分別在1986年與1987年加入人類基因組計(jì)劃。除了美國之外,日本在1981年就已經(jīng)開始研究相關(guān)問題,但是并沒有美國那樣積極。到了1988年,詹姆士·華生(DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)者之一)成為NIH的基因組部門主管。1990年開始國際合作。1996年,多個(gè)國家召開百慕達(dá)會(huì)議,以2005年完成測(cè)序?yàn)槟繕?biāo),分配了各國負(fù)責(zé)的工作,并且宣布研究結(jié)果將會(huì)及時(shí)公布,并完全免費(fèi)。

應(yīng)用領(lǐng)域

(1) 全基因組范圍內(nèi)多性狀的定位;

(2) 目標(biāo)性狀的生物學(xué)基礎(chǔ)研究。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)

(1) 高通量檢測(cè)全基因組SNP并進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,掃除定位盲點(diǎn);

(2) 重重篩選SNP,多重檢驗(yàn)顯著性,保證結(jié)果準(zhǔn)確性;

(3) 同時(shí)對(duì)多種性狀進(jìn)行定位;

(4) 定位精度最多可達(dá)單基因水平。

標(biāo)準(zhǔn)信息分析

(1) 已有參考基因組序列的動(dòng)植物自然群體;

(2) 樣本間無明顯的亞群分化(如生殖隔離等);

(3) 所研究表型性狀遺傳力較強(qiáng)。

(4) ≥200個(gè)樣本;

(5) 基于SNP≥5 X/個(gè)體;

(6) 基于CNV≥30X/個(gè)體 10~20W Tags

(7) 平均8 X/Tag;

(8) 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估;

(9) 與參考基因組比對(duì);

(10) SNP、CNV檢測(cè)及注釋 SNP檢測(cè)及注釋;

高級(jí)信息分析

(1) 構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹;

(2) 群體主成分分析;

(3) 連鎖不平衡分析;

(4) 性狀關(guān)聯(lián)分析;

(5) 目標(biāo)性狀相關(guān)區(qū)域基因功能注釋;

(6) 構(gòu)建單體型圖譜。

樣品要求

(1) 樣品類型:基因組DNA;

(2) 樣品需求量:單次2 ug;

(3) 樣品濃度:文庫≥30 ng/μl

(4) 樣品純度:OD260/2801.8-2.0;

(5) 電泳要求:主帶清晰,無降解或輕度降解。(距送樣日最近的電泳結(jié)果)







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